德国政府税务管理机构分为高层、中层和基层三个层次。
联邦财政部和各州财政部共同构成德国税务管理的高层机构。联邦财政部主要通过其所属的联邦税务总局（Bundesrat für Finanzen）履行有关税收规划和管理的职能。联邦财政部和州财政部每年定期召开联席会议，就税收政策、分享比例等问题进行协商，二者无指导或领导关系，系平级机构。
高等税政署（Oberfinanzdirektion）是德国税务管理的中层机构，负责辖区内税法和有关征管规定的实施，并就与税收相关的问题在联邦和州政府间进行协调，其辖区和所在地由联邦和各州协商确定。高级税政署内设分管联邦税和地税事务的多个部门。管理联邦事务的部门一般包括关税与消费税处、联邦财产处等；管理州事务的有财产税与流转税处、州财产处等。德国现有18个高等税政署，在巴符州、巴伐利亚州和北威州各设2个，不来梅州没有，其他州各设1个。
地方税务局（Finanzamt）是德国税务管理的基层机构，负责管理除关税和由联邦负责的消费税（Verbrauchsteuer）之外的所有税收。企业和个人报税、缴税和申请减、免、退税都需到注册地或居住地的地方税务局办理。
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